Donna Violante Carroz, marchesa di Quirra, patrocinò la ricostruzione dell'antica parrocchiale romanica di Ales quando, nel 1503, essa divenne sede vescovile abbandonando la precedente cattedra di Usellus.
Nella prima metà del '600, si assisté all'ampliamento progressivo della chiesa e della sacrestia: alle originali tre cappelle, furono aggiunte altre quattro, coperte con volte a botte.
Il crollo del campanile e di parte della chiesa, nel 1683, determinò la ricostruzione del monumento, secondo il modello della rinnovata cattedrale di Cagliari. Fu prescelto il costruttore impegnato nel capoluogo, il savonese Domenico Spotorno, il quale trasferì, ad Ales, parte delle maestranze impegnate nella primaziale. Tuttavia, la sopraggiunta morte dell'artigiano costrinse la curia a reclutare nuovi responsabili per ultimare la fabbrica. I lavori furono conclusi sotto la direzione di Ignazio Merigano, Antonio Cucuru e Lucifero Marceddu; il 9 maggio 1688, monsignor Didaco Cugia consacrò la nuova cattedrale.
L'architettura della chiesa richiama i modelli tardo-rinascimentali liguri, derivati da schemi planimetrici gesuitici, caratterizzati da navata, transetto e abside, ampi e profondi, coperti con volte a botte. Su ciascun lato della navata, giacciono tre cappelle, una delle quali coincidente con il transetto. Un padiglione ottagono, su tamburo, domina l'incrocio tra la navata e il transetto: la sagoma svettante è uno degli elementi distintivi nel paesaggio circostante. Il prospetto su piazza è connotato dal fronte turrito, dovuto all'inedita coppia di campanili; un nartece con singolo fornice introduce il visitatore all'interno dell'aula. Il coronamento superiore ha il caratteristico terminale a doppia inflessione, derivato dall'architettura tardo-secentesca cagliaritana, riproposto in altre parrocchiali del Parte Montis.
Il cantiere della primaziale cagliaritana non si limitò a fungere da modello per la nuova cattedrale di Ales: esso fornì manodopera e idee per la decorazione interna. Il genovese Pietro Pozzo concepì la veste rococò degli arredi marmorei: allo scultore e al suo maestro Giuseppe Massetti si deve l'allestimento dell'area presbiteriale, nella quale campeggiano l'altare, la balaustra, il rivestimento pavimentale e la scala con quattro leoni stilofori. Allo stesso linguaggio, sono ispirati gli arredi delle cappelle laterali, il pulpito e il fonte battesimale, opere dello stesso Pozzo. Lo scultore cagliaritano Efisio Mura scolpì l'acquasantiera raffigurante san Pietro nell'atto di infilzare alcuni pesci contenuti nel bacile; la statua è mutila, mancando il braccio proteso con la fiocina. Nel 1780, Domenico e Santino Franco realizzarono il grande altare alloggiato nel braccio sinistro del transetto. L'unica variante al complesso corredo rococò è l'altare della prima cappella sinistra, opera ottocentesca degli scultori Fiaschi, Cucchiari e Ugolini.
Nel 1907, il pittore bergamasco Giovanni da Ferraboschi affrescò la volta con scene raffiguranti l'iconografia dei santi Pietro e Paolo, motivi vegetali, grottesche, incastonandovi le insegne vescovili.
Tra il 1580 e la fine del Seicento, con la ricostruzione del complesso della Cattedrale e del seminario tridentino, forse in più fasi, sul centro si concretizzano programmi e importanti investimenti; oltre alla ricostruzione di edifici e chiese si provvede al tracciamento di una “strada con fondale”, ispirato alle grandi azioni urbanistiche romane farnesiane sperimentate tra gli anni ‘30 e ‘70 del XVI secolo e dai successivi sviluppi. Viene introdotto il concetto spaziale di piazza in coordinamento con la nuova via e, con la formazione del nuovo complesso monumentale episcopale, si procede alla completa riformulazione del precedente abitato. Il notevole complesso architettonico della cattedrale di San Pietro viene collocato in posizione esterna rispetto al nucleo dell’originario villaggio, al quale viene connesso attraverso il disegno di un’ampia strada (Sa Mesu Idda), realizzata con particolari accorgimenti prospettici: il palazzo vescovile, collocato in posizione elevata, assume il ruolo di fondale monumentale a quinta divergente della strada. La costruzione della strada è funzionale alla riqualificazione urbanistica dell’abitato e al disegno di nuovi lotti privati dove si allineano edifici di tenore borghese sulla spinta di una crescita dell’insediamento sostenuta dai tanti che in quel periodo si trasferiscono verso Ales. L’Angius ricorda l’incremento della popolazione e della consistenza urbana favorita da “... canonici e beneficiati...” e “... la gente di servizio che coi medesimi andò crescendo sino a quel numero, cui oggi è giunta la popolazione.”