Alla fine del XV secolo, il sovrano spagnolo Ferdinando il Cattolico, dopo un lungo braccio di ferro con il pontefice, crea il supremo tribunale dell’Inquisizione spagnola.
Le funzioni che vengono attribuite a questo tribunale riguardano principalmente l’eliminazione degli eretici e degli infedeli, il contrasto a pratiche di magia e di stregoneria, la correzione delle difformità di alcuni esponenti del clero rispetto alla dottrina.
Il tribunale dell’Inquisizione viene esteso anche alla Sardegna, con sede prima a Cagliari e poi a Sassari. A capo dell’Inquisizione viene nominato un alto prelato, solitamente un vescovo. È questo il caso dei vescovi di Ales-Terralba, Giovanni e Andrea Sanna.
Per estendere il controllo territoriale viene introdotta la figura del Familiare del Sant’Uffizio. La carica è concessa a personaggi laici, che sono già ampiamente dotati di un loro reddito, costituendo la longa manus dell’Inquisitore. I Familiari del Sant’Uffizio sono esenti dalla giurisdizione ordinaria, feudale e regia, e possono essere giudicati solo dai tribunali ecclesiastici. L’abuso di potere da parte di questi ufficiali ecclesiastici scatena una serie di richiami da parte degli organi centrali dell’Inquisizione spagnola e tanti conflitti di attribuzione tra tribunali ordinari ed ecclesiastici. I Familiari, non sempre nominati secondo le regole, riescono attraverso la loro azione a garantire i propri interessi personali, economici e politici.
La maggior parte dei processi, chiamati autodafé, celebrati in Sardegna non riguardano la pratica di dottrine eretiche ma soprattutto situazioni di dubbia interpretazione della teologia o accuse di magia e stregoneria.
Prima del processo, che è celebrato spesso in un luogo pubblico, l’inquisito viene imprigionato e sottoposto a tortura per estorcere la confessione della sua colpa.
Nel 1576, a Sassari, viene celebrato l’autodafé di Miguel Naitena, abitante del Parte Montis, che, fingendosi commissario dell’Inquisizione, arresta una donna che rifiuta le sue proposte di «conversacion carnal». La pena inflitta è di centro colpi di frusta e tre anni al remo senza paga.
L’Inquisizione funge anche da pretesto religioso per risolvere brutalmente delle questioni politiche, come nel caso di Sigismondo Arquer, avvocato fiscale del Regno e umanista, che nel 1571 viene condannato al rogo per eresia nella città di Toledo.
Nel XVIII secolo, con la cessione della Sardegna ai Savoia, i poteri dell’Inquisizione sarda vengono progressivamente ridimensionati e ricondotti ai funzionari delle diocesi.